Und zwar folgender code ist das Problem sehe ich.

.containerBoxList.doubleColumned > li:nth-child(odd):not(:first-child){
    clear:left;
}

Jedoch ist dies vom WCF drinnen.
Ich müsste mal nach gucken warum, das bei deinem Design nicht geht bzw. nicht richtig.
Das die Boxen verschoben sind, ist normale weil der Inhalt unterschiedlich hoch ist.

genau dort ist das Problem.

.message .messageContent {
    height: 200px;
}

Du setzt eine feste höhe aber der Inhalt der Box ist nicht so hoch.
Des Weiteren wird das hier nicht benötigt.

.newsList > li:nth-child(3){
margin-top: -222px !important;
float: right !important;
}
.newsList > li:nth-child(5){
margin-top: -222px !important;
float: right !important;
}

Sofern du das gemacht hast was ich gesagt hatte
Dann sollte das WCF dies automatisch richtig gestalten.

Das liegt an deinem CSS-Code, dort ist einiges drinnen was das ganze Design bzw. die News nicht an die richtige stelle positioniert.

Wie sieht dein CSS-Code den aus?
Du Must ihn natürlich auch anpassen.
Ich würde dir empfehlen einfach die 2-Spalten und dann brauchst du nur noch eine Zeiel für das erste Element
Sollte reichen so etwas wie

.newsList > li:first-child{
display:block !important;
width:100% !important;
}

Könntest du denke ich mal per CSS löschen mit li:first-child{//dein-css Code hier} und für die Standard also alle anderen dann so
li:not(:first-child){//dein-css Code hier}
das li must du aber anpassen auf das passende Elemente damit e eindeutig ist und nicht noch für andere gilt.