Nein, das WCF nimmt immer als erstes die Paket Server von sich dies kann man nicht ändern. Du musst die anderen Server deaktivieren und dann updaten das sollte helfen.
Bei dem ändern reicht es das Verzeichnis zu verschieben oder umzubenennen und dann in dem ACP die Anwendungen verändern wo die sich liegen dann sollte es gehen, sollte das ACP nicht aufrufbar sein kannst du dies auch über die Datenbank machen und dann manuell den Cache leeren dann sollte dies gehen