Du musst keine .htaccess pro Verzeichnis haben. Es reicht aus, wenn du eine hast und diese muss im hauptverzeichnis sein, sprich in /.
Und dort packst du dann das hier rein.
Apache Configuration
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTPS} !=on
RewriteRule ^ https://%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [L,R=301]
# Rewrite application /cms/
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-d
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f
RewriteRule ^cms/(.*)$ news/index.php?$1 [L,QSA]
# Rewrite application /forum/
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-d
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f
RewriteRule ^forum/(.*)$ news/index.php?$1 [L,QSA]
# Rewrite application /news/
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-d
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f
RewriteRule ^news/(.*)$ news/index.php?$1 [L,QSA]
# Rewrite application /
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-d
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ index.php?$1 [L,QSA]
</IfModule>Ansonsten kann das WSC5.3+ dir eine .htaccess generieren die du nur noch einfügen müsstest. Dort steht sogar bei wo hin diese gehört 
das ist keine Änderung wo man nur ein config flag ändern muss.