Welche Prozesse laufen?
Kannst du mit htop guclen, welche relative viel CPU benötigen außer MySQL?
Und ja, ich habe einen guten der genau das gleiche Perl Script verwendet hat, und es hat ziemlich viel CPU Last in der Datenbank verursacht, als ich dann ein Shell Script dafür erstellt habe ist das Problem weg gewesen.